重庆园艺学会成立于1956年，在中国自然科学专门联合会重庆分会李淑珍同志联系和帮助下，由西南农学院园艺系主任兼西南农业科学研究所园艺系主任董时厚教授提出筹建园艺学会，并与刘孝仲同志（西南农业科学研究所园艺系果树组组长、兼董时厚主任秘书）共同发起，进行筹备工作，从而成立第一届中国自然科学专门学会重庆市园艺分会，由董时厚教授任理事长。理事有刘佩瑛教授、李友霖教授、刘孝仲同志、李学优同志，并由刘孝仲任秘书，开展学会工作。
自1960年开始，由四川省园艺学会理事长、曾勉教授任理事长，董时厚教授任副理事长，李育农教授任秘书长。理事有刘佩瑛、刘孝仲、吕继麟、周开隆等同志。文化大革命学会工作中断。
1978年渝科协（78）第17号文《关于调整、充实重庆市园艺学会理事会成员任职的批复》。重庆市科协副主席王竹同志宣读恢复重庆市园艺学会理事会：理事长曾勉、副理事长兼秘书长李育农、副理事长左林华、副秘书长刘孝仲，理事：刘治华、吕继麟、林冠伯、周开隆、丁洪兆。由第一届理事会进行恢复和重建工作，开始恢复学会工作。
第一届理事会（1956年～1982年1月），起草了重庆市园艺学会会章。
第二届理事会（1982年1月～1986年9月），李育农教授任理事长、秦煊南副教授任秘书长，理事会共21人。
第三届理事会（1986年10月～1989年9月），秦煊南教授任理事长、黄麦平副教授任秘书长，理事会共23人。
第四届理事会（1989年10月～1993年11月），名誉理事长：李育农，理事长：秦煊南，副理事长：周开隆、林冠伯、周学伍，秘书长黄麦平，副秘书长：梁家友任、陈文朴、林德清，理事会共25人。
第五届理事会（1993.12～2000年1月），理事长：黄麦平，副理事长：周学伍、梁家友，秘书长：林德清，理事会共29人，会员人数59人。根据学会章程办会，学会组织逐步健全，学会设立理事会、常务理事会（由理事长、副理事长、秘书长、副秘书长和各工作委员会、专业委员会组长组成），并设立科普、学术、组织三个工作委员会和果树、蔬菜、香料三个专业委员会。
1991年10月，重庆园艺学会在重庆市民政局登记注册。登记证号为：（民）社证字第138号，编号代码：C5536120-6，负责人：秦煊南，主管部门：重庆市农牧渔业局，办公地址：西南农业大学校科协（西南农学院1985年更名为西南农业大学）。
1993年8月，重庆园艺学会业务主管部门由原重庆市农牧渔业局变更为重庆市科学技术协会。
2000年1月18～20日，“重庆园艺学会会员大会暨学术年会”在西南农业大学农业管理干部培训分院召开换届选举会。选举产生重庆园艺学会新的第一届理事会。并将重庆园艺学会挂靠单位变换为重庆市农业局经作处和西南农业大学。根据市民政局注销非法人社团，注册法人社团的要求，2000年3月23日，重庆市政府果品办公室出资3万元作为重庆园艺学会的注册资金，重庆园艺学会在民政局重新注册登记，同时更名为重庆市园艺学会。
新的第一届理事会（2000年4月～2005年6月），理事长：李道高，副理事长：周学伍、吕中华、宋明、邓烈，秘书长：文泽富，副秘书长：李容、胡永庆，法定代表人：文泽富，单位会员6个，个人会员305人。
第二届理事会（2005年6月～2009年4月），理事长：李道高，副理事长：文泽富，秘书长：张云贵，法定代表人：吕中华。负责人8人，理事34人，常务理事17人。
第三届理事会(2009年4月～2013年11月)，理事长：王小佳，秘书长：唐晓华，法定代表人：吕中华，负责人7人。，常务理事20人，理事48人。个人会员523人，单位会员41个。
第四届理事会（2013年4月～2016年6月），名誉理事长：黄麦平、李道高、王小佳，理事长：周常勇，常务副理事长：吕中华，副理事长：宋明、张云贵、文泽富、王少成、张才建、胡仕林、邓烈，熊文祥，秘书长：邓烈（兼），副秘书长：田时炳、曾明，常务理事：朱铁能、李纯凡、明方成、翁天均、崔光祖、雷霆、范永红、刘巨龙、敬博，法定代表人：邓烈。挂靠单位：中国农业科学院柑桔研究所。
第五届理事会（2016年6月～2020年6月），理事长：陈善春；常务副理事长兼秘书长：冉春；副理事长：吕中华、张云贵、文泽富、张才建、曾明、汪小伟、陈岩冰、梁国鲁，副秘书长：田时炳、郭启高、孔文斌。法定代表人：冉春。挂靠单位：中国农业科学院柑桔研究所。
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