通过几年的实践，我国粮食流通体制改革取得了初步成效，但是，由于各地落实情况不同，出现了许多新矛盾、新问题，使改革一直处于改改停停、进退维谷的境地。
◆保护价定位不尽合理
每年各级政府在制定粮食收购保护价时，考虑过多的是让农民多收益，而忽略了市场因素，忽略了粮食收储企业，往往保护价高于市场价。由于保护价远远高出市场价，粮食收储企业既不能违背顺价销售政策，又不能逆向操作，便出现了把粮食长期保管在库里的局面。而按照保护价收购的粮食，加上收购费用、保管费用、银行利息等，实际价格已远远超出了市场价，进而形成“收购时价高，销售时价低”的现象，最终形成“按保护价收－储存－陈化－财政补贴－低价销售”的恶性循环，迫使地方财政不堪重负。
由于地方财政不能及时拨付粮食收储企业的各项补贴，因此粮食企业只有围着政策变，使按保护价敞开收购的政策难以真正落到实处。
◆顺价销售步履艰难
一是国有粮食收储企业在收购中实行的是计划经济，即必须严格执行国家按保护价敞开收购的政策，而销售时面对的却是市场经济，又不能降价销售。因此，粮食企业只有在矛盾的夹缝中生存。二是国有粮食企业收购费用比私商粮贩高，企业人员多、环节多、包袱重，造成管理费用居高不下。三是国有粮食企业库存粮食中陈粮居多，价格悬殊较大，企业无法轻装上阵，经营积极性受挫，有时不但错失良机，而且助长了企业等补贴的现象。因而出现了年年收购、年年亏损、年年补贴的局面。
◆粮食市场管理不到位
一些私商粮贩钻国家粮食保护价政策的空子，直接上门从农民手中收购粮食，不讲质量好坏，一手交钱，一手交粮，低价从农民手中收取粮食，转手按保护价粮高价卖给粮食收储企业，从中牟取暴利。
◆企业包袱沉重、人员过多,整体素质偏低
在基层粮食企业中，不少单位都存在这类现象：一是由于离、退休人员多，单位每年创造的效益有相当一部分都支付在医疗费上。二是转岗分流政策落实不到位，或者根本没落实。三是由于1998年以前粮食企业银行贷款数额较大，利息沉重，虽经两次挂账，负担有所减轻，但由于财政补贴无法真正落实到位，因此，沉重的包袱目前仍由企业自己承担。四是目前粮食收储企业面临仓房老化、危漏仓房增多、外垛增多的问题，而粮办企业新生力量单薄，老企业面临设备更新、产业结构调整等，因此都在等待大规模资金去扶持。五是尽管在县级（或县级以下）企业进行了改制，但改制不彻底，企业仍在不同程度地发生亏损，一些职工的生活难以保证，大多数粮办企业处于停产、停业或倒闭的边缘。
同时，政府职能部门多,各类形式的检查多,伸手要钱者多，使企业整天疲于应付，难以放开手脚搞经营。近两年来，基层企业几乎每月都要迎接各种检查达两三次，动辄查账、调账，企业的账本长年在外“旅游”。另外，各种摊派多如牛毛，就报刊征订而言，大多数企业每年都要征订40多种报纸、杂志，凡是职能部门摊派的一家都不敢少。特别是效益略好一些的企业，受检查、摊派歪风影响更大。
◆监督机制不健全
由于国家在实施改革的同时，配套措施不完备，没有形成行之有效的监督约束机制，大多数国有粮食企业的经营机制没有从真正意义上建立起来、转变过来。粮食市场体系未能真正建立，价格机制未能形成，企业仍在不同程度地发生亏损。因此，建立完善的监督机制迫在眉睫。（粮油市场报）
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